Macを使用すると、知らずに .DS_Store というファイルがいつの間にか作成されます。

このファイルは隠しファイルなので、Finderでは表示されません。
ここでは、.DS_Storeについての説明はしません。
zipファイルを作成する際に.DS_Storeファイルのような余計なファイルを含めたくありません。
.DS_Store ファイルを削除してzipファイルを作成しても良いですが、手間なので不要なファイルを除外してzipファイルを作成します。

なお、.DS_Store ファイルの削除方法は以下を参照して下さい。

コマンド

ターミナルからコマンドを実行します。
以下は、指定したディレクトリ以下の .DS_Store ファイルを除外しzipファイルを作成するコマンドの例です。

zip -r ../test.zip ./* -x \*/.DS_Store/\*

../test.zip は出力先になります。一つ上の階層にtest.zipというファイルを出力します。
./* はカレントディレクトリ配下のファイル全てを圧縮対象にしています。
-x で除外したいファイルを指定しています。

最後に

特にありません。